Neke homeopatske škole neguju pseudonaučni pristup i pod stalnom su kritikom onih koji su svoja istraživanja iz oblasti homeopatije zasnivali na strogim naučnim principima. Treba razlikovati glavni naučni pravac klasične homeopatije od mnogih drugih pravaca koji pokušavaju da pojednostave ovaj veoma složen pristup čovekovom zdravlju raznim prečicama i čine isto što je i materijalistička medicinska misao učinila pre dva veka: odstupaju od sveobuhvatne, jasno argumentovane analize stanja u kome se određena osoba nalazi.
Svakoj nauci su potrebne nove hipoteze koje joj obezbeđuju razvoj, ali ni jedna hipoteza dok ne prođe jasnu, metodološki adekvatnu potvrdu, ne sme se smatrati prihvaćenim, sastavnim delom naučne teorije.